Odbor zabezpečuje systematickú pripravenosť organizácie na riešenie mimoriadnych udalostí a krízových situácií. Vypracoval krízový plán pripravenosti na mimoriadne udalosti, ktorého poradným orgánom je krízový štáb ZSKE. Tento plán vytvára rámec pre koordinované a efektívne riadenie zásahov v situáciách ohrozujúcich životy a zdravie obyvateľstva.
Odbor metodicky a odborne riadi tri stanice BioHazard tímu so sídlom v Košiciach, Prešove a Martine. Tieto špecializované tímy sú určené na zásahy pri výskyte vysoko nebezpečných nákaz na území Slovenskej republiky. BioHazard tímy disponujú špičkovým technickým a ochranným vybavením na úrovni biologickej bezpečnosti BSL-4, čo umožňuje bezpečný zásah aj pri najrizikovejších biologických hrozbách.
V súlade s plánom hlavných úloh Odboru krízového riadenia Ministerstva zdravotníctva SR sa ZSKE pravidelne zúčastňuje taktických, preverovacích a UHPO cvičení. Tieto cvičenia prebiehajú v spolupráci so zdravotníckymi zariadeniami a zložkami integrovaného záchranného systému, najmä s HaZZ.
Hospodárska mobilizácia
Hospodárska mobilizácia vytvára predpoklady na zabezpečenie základných potrieb obyvateľstva a podporu činnosti záchranných zložiek v krízových situáciách. Ako subjekt hospodárskej mobilizácie ZSKE významne prispieva k zvládaniu udalostí s hromadným postihnutím osôb, riešeniu biologických incidentov a k pripravenosti na potenciálne bioteroristické hrozby na území Slovenskej republiky.
V rámci bezpečnostného systému štátu tvorí ZSKE dôležitý podsystém krízového riadenia, schopný reagovať na široké spektrum mimoriadnych udalostí.
Každá krízová situácia zároveň predstavuje príležitosť na záchranu ľudských životov a ochranu zdravia prostredníctvom včasného, odborného a koordinovaného poskytovania neodkladnej zdravotnej starostlivosti.